وی با اشاره به فرازی از دعای روزانه ماه رجب «يا مَنْ يَمْلِکُ حَوآئِجَ السَّآئِلينَ و يَعْلَمُ ضَميرَ الصَّامِتينَ، لِکُلِّ مَسْئَلَةٍ مِنْکَ؛ اى که مالک حاجات خواستارانى و اى که نهاد خاموشان دانى؛ براى هر خواسته‌اى از جانب تو، افزود: خداوند چنین ویژگی به تعبیر امام سجاد(ع) دارد؛ لذا اگر بخواهیم به کسی اعتماد کرده و به او پناه ببریم سه شرط دارد؛ قادریت، عالمیت و رحیمیت؛ امام زین‌العابدین دروازه‌های ماه رجب را به این ویژگی‌ها به روی ما باز کرده است.
مدیر حوزه‌های علمیه بیان کرد: خدا همه دنیای درون ما را حتی اگر لب به سخن نگشاییم می‌داند و بر همه چیز قادر و دارای مهربانی مطلق است و چنین خدایی دروازه رجب و سحرگاه و مناجات را بر روی ما گشوده است؛ لذا باید کاری کنیم که طلاب با سحر و مناجات سحرگاهان انس بگیرند، زیرا اشک نیمه شب و انس با خدا و دل مشتاق لقاءالهی جزء ممیزات اصلی طلبگی است.
اعرافی با تمجید از شخصیت والای آن حضرت، تصریح کرد: امام خمینی(ره) فرمودند من هیچگاه نترسیدم و یک قدم برای غیرخدا برنداشتم؛ چنین شخصیتی بنیانگذار حرکت انقلاب بود و منشور روحانیت را صادر کرد؛ این امام می‌فهمید که «بِيَدِهِ مَلَکُوتُ کُلِّ شَيْءٍ» و «وَ هُوَ عَلَى کُلِّ شَيْءٍ قَدِيرٌ» یعنی چه.
اعرافی بیان کرد: باید امام(ره) را بشناسیم و زندگی ایشان را تحلیل کنیم؛ طلبه باید لبریز از اقتدا به الگوهای متعالی و اخلاقی باشد؛ زیرا این الگوها می‌توانند مانند یک آهنربا او را به سمت خود جذب کنند؛ طلبه می‌تواند ویژگی‌های روحی و اخلاقی بزرگان را بفهمد و به آن عشق بورزد.
وی با اشاره به سالروز صدور منشور روحانیت حوزه از سوی امام، اظهار کرد: معادلات جهان معاصر در پرتو اندیشه تابناک امام(ره) تغییر یافت، اندیشه‌ای که بخشی از آن در منشور روحانیت وجود دارد؛ ایشان فرمودند تردیدی نیست که حوزه و علمای متعهد در برابر حملات و انحرافات و کج‌روی‌ها ایستاده و تلاش کردند تا حلال و حرام الهی را بدون دخل و تصرف ترویج کنند؛ همچنین فرمودند حوزه‌ها از نظر منابع و شیوه بحث و اجتهاد، غنی و دارای ابتکار است و تاریخ بیش از هزار ساله تحقیق و تتبع علمای راستین راه بارور کردن نهاد مقدس اسلام است.
اعرافی اضافه کرد: در بخش دیگری از منشور بیان شده است که علمای اصیل اسلام هرگز زیر بار سرمایه‌داران و خوانین و پول‌پرستان نرفتند یا فرموده‌اند که خطر تحجرگرایان و مقدس‌نمایان احمق در حوزه کم نیست و طلاب لحظه‌ای از فکر مارهای خوش و خط و خال کوتاهی نکنند؛ اینها مروج اسلام آمریکایی و دشمن رسول الله(ص) هستند؛ استکبار وقتی از نابودی حوزه مأیوس شد دو راه ارعاب و زور و خدعه و نفوذ را انتخاب کرد.
وی افزود: امام در جای دیگر فرمودند ضمن اینکه باید بر اجتهاد جواهری تأکید کنیم، ولی نباید از شناخت مسائل جدید و تجربه‌های نو پرهیز کنیم و باید در فقه و علوم اسلامی توجه بیشتری داشته باشیم؛ ایشان تأکید دارند که اجتهاد به همان سبک درست است ولی زمان و مکان، دو عنصر تعیین‌کننده در اجتهاد است.
اعرافی با اشاره به صدمین سالگرد احیاء و بازتاسیس حوزه بیان کرد: دبیرخانه‌ای در این راستا شکل گرفته و طرح‌هایی در حال پیگیری است که یکی از آنها تدوین موسوعه و دانشنامه برای نشان دادن تطورات یکصد ساله قم در قبل و بعد از انقلاب اسلامی یعنی از دوره تاسیس تاکنون است.
مدیر حوزه‌های علمیه با بیان اینکه دوره نخست حوزه از فروردین سال ۱۳۰۱ شروع شده است، گفت: بعد از این دوره شاهد حضور آیات ثلاث هستیم تا به دوره آیت‌الله حائری و بروجردی می‌رسیم؛ اسناد نشان می‌دهد که بیش از ۳۰۰ طلبه در قم در دوره آیت‌الله حائری حضور داشتند و بعد از وفات آیت‌الله بروجردی به بیش از ۵ هزار طلبه رسیده بود و با ارتحال ایشان هم فصلی نو آغاز شد.
مدیر حوزه‌های علمیه گفت: برای سده دوم حوزه باید طلاب و استادان گام‌های جدید بر دارند و آفاق جدیدی را تسخیر کنند؛ وقتی امام در ۴۱ سالگی تاسیس حوزه، پرچم نهضت را برافراشتند حوزه‌ای در محاصره و زیر فشار و اختناق و با هزار مشکل و مصیبت وجود داشت اما امام مسیر جدیدی را در جهان آغاز و چیزی در حد اعجاز انجام داد.
وی با بیان اینکه امام در صفر امکانات آن عظمت را آفریدند، تأکید کرد: ما در گرما و سرمای شدید فیضیه درس می‌خواندیم ولی روح بلند امام همه صفرها را تبدیل به عدد کرد، و کارهایی که باور نمی‌شد رخ داده است زیرا مگر می‌توان تصور کرد که دنیا در پرتو حرکت امام قرار گرفته و این همه تحولات در عالم رخ دهد؟